Kafka Hibino hampir saja meninggalkan mimpinya untuk bergabung dengan “Pasukan Pertahanan” anti-Kaiju. Dia sekarang bekerja di bagian pembersihan Kaiju, membuang mayat-mayat Kaiju yang terbunuh dan mengenang kembali masa-masa yang dihabiskannya bersama teman masa kecilnya, Mina Ashiro, kapten Divisi Ketiga Pasukan Pertahanan.